補助及獎助學金
- 連江縣政府提供：馬祖校區就學期間每人每年一萬元就學津貼及五千元交通補助(實支實付)。
- 本校提供：馬祖校區就學期間每人每學期一萬五千元獎助學金。
- 國立台灣海洋大學進方水科技獎學金：三系各6名以及特殊貢獻獎學金2名獎學金名額。
- 國立臺灣海洋大學李全伶學長及夫人李欒復青女士獎助學金：三系各1名，1名4萬元獎學金。
- 優秀新生入學獎學金：每名約3萬元(由連江縣政府及海洋大學共同提供)，獎勵資格如下：
- 大學指考錄取成績為各系之前三名，且以第一志願錄取者，每系各以1名為原則。
- 學測總級分為各系之前三名，且以第一志願錄取者，每系各以1名為原則。
- 同分者依該學年度簡章之同分參酌順序決定之。
- 陸生學位生進入本校就讀學士學位、碩士學位及博士學位者，每位學生每學期分別可獲得本校提供之新台幣2萬元、2.5萬元及3萬元獎勵學金。
- 校區工讀：提供三系同學校區工讀機會，包含公共區域打掃以及職員宿舍打掃等工作。
- 課後輔導工讀：提供三系學生前往在地國中國小進行課後輔導工讀機會。