【成立宗旨】

  為協助馬祖地方海洋環境與生態研究，並期許對國家未來海洋研究做出更大貢獻及秉持「大學社會責任」精神，積極與地方結合，對地方有所貢獻，將大學研究能量投入當地相關產業，期望未來藉由研究中心，將本校能量推向國際與中央及地方攜手合作推動，能逐步擴大規模，成為西北太平洋重要海洋研究重鎮；於2020年9月正式成立「國立臺灣海洋大學馬祖海洋研究中心」。

【中心運作組織】

  本中心設置主任一人與副主任一至三人，其設立三組做為中心研究單位，並視計畫業務需要設置專兼任助理若干名，其他參與教授若干人及專兼任研究人員若干名。透過中心主任負責研擬推動中心策略與方向，副主任協助推動執行中心相關事務。另中心成員由參與本中心計畫相關之主持人組成。
配合本中心運作，設置「指導委員會」，督導研究中心之營運管理，以促進中心達成其願景與任務，以提升研究中心整體綜效，促進成果擴散，並引導中心特色發展。本中心指導委會由具有相關研究專長領域之國內外知名產學研界專家若干人組成，不定期召開會議提供建議、諮詢、及進度考評。

【本中心三組設立宗旨】

海洋生物科技組：

  致力於藍眼淚、牡蠣、馬祖淡菜及龍蝦的復育，結合馬祖地區的天然海洋研究優勢與校本部教學研究資源與技術，提升馬祖地區的海洋生物科技的研究發展。

海洋經營管理組：

  以『健康島嶼、幸福馬祖』為願景，『島嶼創生、國際接軌、永續發展』為目標，並以「連江縣十二年(108-119)縣政發展計畫」為藍圖，以「發展觀光」為主軸，「建構機關優質環境」為原則，建構連江縣成為適合居住、適合移入 的「移居宜居」島嶼， 打造獨樹一幟的地區特色。

海洋工程科技組：

  致力於海洋、港灣及海岸等環境保護及工程設施之研究，同時針對馬祖地區特有地 形、地質與水理環境因素進行研究，並培育高級海洋工程科技人才。